LS2024 (mMCH a dole je MCH-II): 
E-mail: andrej.bohac@uniba.sk
 ------------------------------------------------------------------
(mMCH) Medicínska chémia - úvod pre Bc študentov
posledná

aktualizácia 20.06.2024: Vysledky skusky z mMCH najdete v tabulke nizsie. Kto by si chcel opravit hodnotenie, treba, aby ma kontaktovat E-mailom do utorku 25.6.2024.
Vela zdravia a uspechov zela, Andrej Bohac

interakcii, čo sme spominali na kazdom seminari, teraz ich zopakujem od najsilnejsich k slabým:
1/ elektrostaticke (ion/ion, ion/dipol, indukovany dipol (napr. Lys s NH3+ / Ph jadro), dipol/dipol)
2/ vodikove vazby (HBA, HBD donorne/akceptorne vždy z hľadiska vodíka a danej skupiny)
3/ Van der Waalsove interakcie (mastne s mastnym napr. uhlikaty skelet, stacked Pi-Pi (stohovatelne ako knihy v kniznici) interakcie medzi dvomi aromatickymi kruhmi)

Pri priprave ku skuške mozte okrem iných zdrojov pouzit aj velky lekarsky slovnik:
https://lekarske.slovniky.cz/
ataxia (strata koordinacie, rovnovahy) means without coordination. People with ataxia lose muscle control in their arms and legs. This may lead to a lack of balance, coordination, and trouble walking. Ataxia may affect the fingers, hands, arms, legs, body, speech, and even eye movements.
homonymá a synonymá (to su terminy z jazykovedy a patria do vseobecneho stredoskolskeho rozhladu)
homonymá  (pisu sa a zneju rovnako, ale význam je odlišný) napr. stopky – hodinky, stopky na ovocí
synonymá (pisu sa a zneju rozne, ale vyznam je ten isty) napr. pekný, krásny, nádherný, ci generické názvy liekov majúce to isté zloženie, len sú inak nazvané, lebo iný výrobca produkujuci dane lieky po uplynutí patentu

OTAZKY KU SKUSKE Z mMCH na 21.5.2024 B2-404 (čas ako prednaska)
SI MOZTE STIAHNUT TU (poslal som ich aj mailom, aktualizovana verzia z 18.5.2024 - obsahuje 330 terminov)

ŠTUDIJNÝ MATERIÁL KU SKÚŠKE: pozostáva z prednášok, odporučených informácii, diskusií na prednáškach a seminároch, kľúčových termínov z MedCHem a Vašich prezentácií počas seminárov.
Prednášky a video z mMCH:
VNÚTORNÝ SVET BUNKY - ALEBO AKO FUNGUJEME video mp4
P;
Semináre z mMCH:
Harmonogram prezentácií rozpis seminárov nájdete (*tu), termín si môžte zvoliť tak, že v jeden týždeň budú 3 prezentácie)

Podstata prezentície: Prezentacia by mala byť informačne ucelená, zaujímavá a prehľadná. K liečivu uveďte jeho štruktúrny vzorec spolu s názvom liečiva (zmenšený na každej strane pptx vpravo hore) a nájdite údaje od histórie, cez terapeutické využitie (musíte uviesť a stručne vysvetliť aj patológiu ochorenia), iné zaujímavosti, až po mechanizmus pôsobenia liečiva na jeho biologický cieľ, ako aj spôsob syntézy liečiva. Funkčné skupiny z chemického vzorca liečiva treba na prednáške komentovať z hľadiska možných interakcií s aminokyselinovými zvyškami biologického cieľa: iónove interakcie, vodíkové väzby, VdW interakcie, ako aj z hľadiska možnosti ionizacie a rozpustnosti vo vode, či toxicity liečiva ...). Treba vyplniť vsetky body z templatu *tu k danemu liecivu. Piste a vkladajte podstatne a zaujímavé informácie, obrázky a schémy, priložte link k zaujímavému videu ohľadom daného liečiva a toto video stiahnite ako mp4 súbor (nazvite ho rovnako ako prezentaciu, koncovka bude iná napr. liecivo_PriezviskoM_DD.MM.2024.mp4) (k linku v pptx prezentácii napiste, prečo video uvádzate a v bodoch, čo obsahuje). Po odprezentovaní pptx a oprave pripomienok (pptx znovu nahrajte s pozn OPR na konci nazvu liecivo_PriezviskoM_DD.MM.2024_OPR.pptx). Ako zdroje informácií použite príbalový leták k liekom obsahujúcim dané liečivo, doplňte ho údajmi z odbornej literatúry, kníh, Wikipédie, YouTube-u, Internetu... všetku použitú lit. aj zdroje napr. web stránky riadne citujte v prezentácii.
Postup prípravy prezentácie:
1/ vyberte si dve liečivá napr. zo zoznamov uvedených webových stránok (nižšie); 2/ potom skontrolujte, či sa Vami vybrané liečivá nenachádzaju v zozname už prezentovaných liečiv (zakázaný zoznam nižšie) ak ste tam nejaké našli, zopakujte výber a túto kontrolu. Prezentacie sa nesmú opakovať s už prezentovanými liečivami z minulých rokov; 3/ skontrolujte a zapíšte vybrané liečivá do online excelového súboru aktuálny zoznam Vami vybraných liečiv na zamedzenie duplicity prezentácii (píšte do neho online) (link je tu). Ak sa Váš výber zhoduje s už zapísanými liečivami kolegov, zopakujte výber Vášho liečiva. V aktuálnych prezentáciách nesmie byť duplicita; 4/ stiahnite si záväzný pptx templát na prezentáciu *tu. Templát obsahuje povinne odstavce (hlavičky) ktoré treba zachovať. Formát súboru nemeňte. Do názvu súboru (bez diakritiky) doplňte Vaše údaje: (liecivo_PriezviskoM_DD.MM.2024.pptx); 5/ pri vypracovaní templátu sa riadte doporučeniami a literárnymi zdrojmi uvedenými vyššie. 6/ termín prezentácie 1. liečiva nájdete pri Vašom mene (link je tu); 7/ druhú prezentáciu vypracujte podobne ako prvú, priebežne, s tým, že po jej vypracovaní ju spolu s videom vložte do spoločnej knižnice do podknižnice DRUHA PREZENTÁCIA *sem.
Súbory a video pred prezentáciou prosím nahrať do knižnice (liecivo_PriezviskoM_DD.MM.2024.pptx) *tu, po prezentácii opravene tiež tam, ale s poznámkou na konci mena suboru OPR (znamena opravene) takto (liecivo_PriezviskoM_DD.MM.2024_OPR.pptx)
Zoznam už prezentovaných 177 liečiv (zakázaný zoznam): acyclovir; adapalén; albuterol; alopurinol; alprazolam; amfetamin; amlodipin; amoxicilin-clavulanic acid; anagrelid; anastrozol; apixaban; aripiprazol; atenolol; atorvastatin; azatioprin; azithromycin; bacitracin; bazedoxifene; benzylpenicilin; bilastin; bimatoprost; bisakodyl; bisuleptin; buprenorfin+naloxon; buspirone; calciferol/ drisdol/ vitamin D; cariprazin; carisoprodol; celekoxib; cetirizin; chloramphenicol; chloroquine; citalopram; clarithromycin; clonidine; clopidogrel; cyclosporin; dabigatranetexilat; desvenlafaxin; dexametazon; diazepam; diclopenac; diltiazem; disulfiram; donepezil; doneprezil; dosuleptin; duloxetin; dutasterid; efinaconazol; EIDD-2801; enalapril; escitalopram; estradiol; etanercept; ezetimibe; ezomeprazol; favipiravir; febuxostat; fenobarbital; fentanyl; fenylefrin; fesoterodin; fexofenadine; finasterid; fingolimod; Flecainide; flumazenil; fluorouracil; fluoxetin; fluticasone furoate; formoterol; furosemid; galantamine; galatamin; glikazid; glyceroltrinitrát; guanfacin; hydroxychloroquine; Ibrance / Palbociclib; ibrutinib; Ibuprophen; ivermectin; izotretinoin; kanagliflozin; karbamazepin; klotrimazol; kodein; latuda; letrozol; levofloxacin; levonorgestrel; levotyroxín; lisdexamfetamin; lisinopril; lopinavir-ritonavir; lorazepam; losartan; lovastatín; lubiproston; lurasidone; lybalvi; memantin; mesalazin; metamizol; metformín / inzulín; methotrexate; methylphenidate; methylprednisolone; metoprolol; metronidazol; mirtazapin; molzidomin; mometason; morfín; naproxen; nasonex - mometazon furoat; natriummalendronat; nextstellis; niacin; nimesulid; nitroglycerin; olanzapin; olmesartan; ondansetron; oseltamivir; oxykodon; pantoprazole; paracetamol; paroxetin; perindopril; pitavastatin; pradaxa; pravastatin; prazosin; pregabalin; primidón; promethazine; propranolol; quetiapine; ramipril; ranitidine; remdesivir; rivaroxaban; rivastigmin; rizedronatNa; rosuvastatin; semaglutid; sertralin; sildenafil; silymarin; simvastatin; sitagliptin; sofosbufir; sotalol; sumatriptan; tamsulosin; testosteron; thiogamma; tiamazol (metimazol); tiaprofenova kyselina; tizanidine; tramadol; trazodón; valproat; valsartan; vareniklin; venlaflaxine; ventolin; vinpocetin; vitamín B9; vitamin C; vortioxetin; vortioxetin; warfarín; zidovudin; zoledronova kyselina; zolpidem tartrat
Výber liečiva: s organickou štruktúrou a iného, ako zo zakázaného zoznamu, ktorý je nižšie) môžete uskutočniť z nasledovných webových stránok:
1/ 50 top prescrideb drugs in 2022 *tu, 2/ 300 top of 2020 *tu, 3/ Novel Drug Approvals for 2021 *tu, 4/ 50 of 2021’s best-selling pharmaceuticals *tu, alebo 5/ Top 300 Drug List *tu. Pozor mená API s koncovkou ab (napr. Bevacizumab) nevyberajte, to su antibodies - teda veľké proteíny, co nie je pre nás vhodne. Treba vybrat také liečivo, ktorého štruktúru budete schopný prezentovať a komentovať.
Zdroje informácii  príbalové letáky k liečivám sú napr. *tu, Wikipédia (naj je EN verzia) link je *tu (info si môžte aj ľahko preložit do SK), Google, YouTube, vedecká literatúra, knihy, databazy...
ZÁVEREČNÉ HODNOTENIE: bude počítané ako vážený priemer 0.6 x (% z písomnej skúšky) + 0.4 x (priemer hodnotení zo semináru a pptx seminárnych prác I a II). Podmienkou je napísanie skúškovej písomky na > 50 %, odovzdanie dvoch seminárnych prác (z toho jedna odprezentovaná) a dostatočné dosiahnuté výsledné vážené percento zo skúšky (A: 100-90, B: 89-80, C: 79-70, D: 69-60, E: 59-50)
------------------------------------------------------------------

Medicínska chémia - praktická časť pre Mgr študentov (MCH-II) posledná aktualizácia 28.03.2024
organici2324@gmail.com
Prednášky z MCH-II:
1P/S (21.02.2024) - zopakovanie základných pojmov z MCH-I, vysvetlenie interakčnej mapy na ligandoch z PDB: 4QX4, ukážka a vysvetlenie PDB databázy (PDB: 4QX4), ukážka Discovery Studio - automaticke stiahnutie PDB: 4QX4
ÚLOHA: priniest si laptopy s nainstalovanym DS software a stiahnut si PDB: 4QX4, pohrať sa s funkcionalitami programu
link na stiahnutie DiscoveryStudio je tu
2P/S (28.02.2024) - uvod k COXs, mechanizmus ich posobenia a inhibicie, uvod do PDB, analyza vybranych 5 komplexov (nazvy, spieces, COX2/1, structures of ligands and work personalisation doplnim), uvod do vyuzitia soft DiscoveryStudio,
3P/S (13.3.2024) - zopakovanie Click Chemistry prednasky (pdf) (Jakub => vyriešil jednu možnosť spojenia dvoch OTIs cez kovalentne -CH2CO- premostenie namiesto -COOH), ukazka vytvorenia int mapy z Mefenami acid, úloha: vytvoriť interakčné mapy ostatných 3 ligandov, porozmýšlať nad dalsím prepojenim 2 OTI, ukažka navrnutych ligandov na in situ ClickChemistry (je kniznica 102 produktov, neskor bude ich analyza), vysvetlený prístup na in situ ClickChem screening (neskor navrh a vyhladanie komercnych ligandov).

Semináre z MCH-II:

Prezentacia (zápal, COX-1,2, COX biochemia, COX inhibicia, selektivita): je tu

Intermolecular interactions diagram - an example: (ChemDraw file is here to download)

Semináre project COX-2:
Cieľ: identifikovat vhodne derivaty OTI a CMTI na COX-2 testovanie v Srbsku
Native ligand Mefenamic acid interaction diagram:

Záver: -COOH nemá v tomto prípade iónove interakcie, Mefenamic acid je 75 x selektivnejsia na huCOX-1, pricom v PDB nema taký komplex zaznam

Native ligands for composition of interaction diagrams (Vioxx excluded):

PDB analysis:

Docking results:
Potrebné subory ABO